DDoSで集まったトラフィックをCloudFrontで受けた場合でも、直接的な費用節約方法はありません。 Cloudfrontの課金対象になるデータ転送を発生させないようにAWS WAFなどで応答する必要の無いアクセスをブロックすることで費用を節約することが可能です。

CloudFrontの設定をしただけではキャッシュはされません。設定後、キャッシュ対象のコンテンツにアクセスが発生したタイミングでキャッシュが作成され全世界のエッジサーバーに同期されます。キャッシュ同期後、キャッシュの寿命(TTL)が切れる前に同じコンテンツにアクセスがあった場合、Cloudfrontはオリジンに代わってキャッシュを応答します。公開時刻までのアクセス制御については相違ありません。

phpなどの動的なパーツはキャッシュしない設定を行うことで、Webサーバー側で処理させることができます。 また、他にもケースバイケースで対応方法がございますので、ご相談ください。

CloudFrontではコンテンツのキャッシュ時に、デフォルトではCookieを考慮しません（キャッシュされません）。ただ、設定によってはリクエストのCookieも一致したときのみキャッシュを返す設定など様々な設定が可能です。 ご要望に応じてご相談いただければと思います。

Cloudflareをご利用の場合でも、問題なくご利用いただけます。CloudflareとAWSの併用についてはCloudflare社のサイトの記載をご参考ください。 https://www.cloudflare.com/ja-jp/multi-cloud/aws/

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パートナープログラムの認定レベルが必ずしも提供されるサービスレベルと一致するわけではありませんが、一定以上のレベルが期待できるという目安にはなるかとは思います。