Route53以外のDNSサーバーも利用は可能ですが、Application Load BalancerはCNAMEレコードにて登録が必要になります。

ただ、ネイキッドドメインがCNAMEに設定できないDNSサーバーが一般的ですので、注意が必要となります。

基本的にはRoute53を利用することをおすすめします。